在第41千年末期，修女会接连卷入了一连串声名狼藉的冲突。在末日之战中（argeddon，也就是阿米基多顿），兽人使我们的殉教女士修士团遭受了极其惨痛的损失，以至修士团把袍色从黑色变为鲜红，以此向在teestora巢城世界（hiveteestora）殉教的姐妹们致敬。
至此多灾千年终结之时，修女会的战斗修女与众多防御者一道，屹立于卡迪安之门前（cadiangats阿巴顿与戴维老爷永恒的怨念！！），为帝国与人类的未来做好了牺牲一切的准备，其信念之锐利有如手中的爆弹枪，虔诚之坚韧则似身披之铁甲。
激进派与温和派（radicalsandpuritans）
和其它审判庭一样，异端审判庭也因对贯彻帝王意志的手段存在分歧而分为不同派系。一些人把这些派系分为温和派和激进派，这种做法不免过于简单。不像其兄弟审判庭那样在激进派和温和派之间有明显的区别，这两类猎巫人之间的界线模糊得多。
在异端审判庭内部存在着各式哲学观，而这类事物的特点是，一个派系的信条越极端，便与同样极端的其对立观点越相近，（铃铛语：辩证法）对那些了解异端审判庭工作的人来说，异端审判庭的形象如同人类种族的严苛监护人；保护懦弱之人免受黑暗巫术、异端和生物变异伤害的严厉父亲。猎巫人严惩那些散播异教事物之人、亵渎帝王者以及抛弃侍奉帝王之职责追求世俗权力的国教成员。猎巫人是敬畏和恐惧的化身，虔诚不可侵蚀，对一切软弱行为施以应得的严厉裁决。他们无情的追杀帝王之敌，尽管为达目标可能导致数以千计的无辜牺牲，但这与失败的可怕代价相比实在微不足道。（铃铛语：我很理解修女们，假如一些异端不被铲除，那么死的人就不止几千了，正像某审判官所说的：那些知道真相的人会知道，自己没有让那些人活下去的权力。她们孤独的背负着世人的谴责，误解，愤怒和怨恨，自宣誓成为一名战斗修女起，就注定要走上一条凄凉的道路，为了守护人类的福祉，以心灵和肉体构建起帝国内部的铜墙铁壁，以牺牲和殉难拯救人类于水火之中，虽饱经磨难而矢志不渝，纵溺于唾骂而义无反顾，宁可让那些愚民痛恨我们，也不要让他们在混沌手中生不如死，这是一种值得尊敬的奉献精神，令人想起罗曼罗兰的一句话：重要的不是显得伟大，而是成为伟大！但不理解她们的人肯定比理解她们的人要多得多，毕竟，这个世界上，追求安稳的人太多太多，有着壮士断腕的觉悟之人，实在是太少太少）
尽管要对付的敌人数目众多，对付他们的方法也一样不少，一些猎巫人还知晓以彼之道还施彼身的途径。一些人认为，这些审判官是激进派，而其他人看来，他们更像是异端。有许多猎巫人自己便是灵能者或借助被束缚的巫术力量来辅助其捕杀猎物的工作，这些帝王仆从不可被划归邪恶之列，激进派宣称在为帝王的灵魂而战时必须使用一切可能的武器；温和派则驳斥道，仅仅考虑此类想法，便已使自己烙下永世的诅咒。激进派因其采取的方法以及对灵能的使用而背负如此的烙印，而这些人为了履行伟大的职责，借助巫术之力犯下恶行也在所不惜。
但这些区别不过是猎巫人间的冲突里最显而易见的。除了异教神器和生物变异等外在威胁，异端审判庭还必须监视帝国国教，以确保不会出现另一个疯狂元老饭桶这样的暴君，使帝国进入第二次叛教时，。而与国教保持这种近距离接触也带来了问题，面对这种关系可能带来的财富与声望，并不是没有审判官为之所诱惑。以前就发生过某异端审判庭的审判官因一时松懈而被其同僚以酷刑严惩的事件，前者的行为导致了国教的伪教士（rogueclericsofthelesiarchy）为了自己的利益越权发动虔信之战。
更具争议的是那些拒绝遵守其职业潜在底线的审判官。异端审判庭一个最重要的任务便是追捕猎杀巫师和无约束的灵能者，残酷而讽刺的是，类似的力量存在是帝国得以继续维持并存在下去的重要保障。星际通讯，亚空间迁跃以及帝王自身的延续都基于灵能者。没有了灵能者，帝国将瓦解为一系列孤立的恒星系领地，而没有帝王的指引，它们将很快沦为亚空间污秽存在的美餐。但在极端份子（ultra-puritan）看来，这些灵能者-导航员（navigators），星讯师（astropaths），合法灵能者（sanctionedpsykers）甚至星际陆战队智库-全该处以与巫师之流同样的天谴和拷打，而这样的看法无异于极端激进份子（ultra-radicals）的镜子的另外一面，使二者殊途同归（铃铛语：再伟大的组织中，都会有2b的存在，严格来说，这是人类历史发展的必然）。
“人类正处于伟大升华的临界点，你务必时刻警惕这一转变将归于失败的不祥预兆。探求纯洁和强大的存在，也存在污秽与软弱，在你发现一个值得肯定的生命那里，你也会发现数以百万计的扭曲变形的畸形儿，对它们而言，由你所赐予