轻佻不德，何进兄弟好修虚名，并无股肱之才，担心他们不能安定社稷，因此再度筹谋诛杀何进，废黜刘辩，改立刘协为帝。蹇硕写信给中常侍赵忠、宋典等人说：“大将军何进兄弟控制朝政，独断专行，图谋消灭我们。只因我蹇硕统率禁军，所以暂且迟疑。现在我要除私仇，以辅公家，我们应尽快捕杀何进。”但中常侍郭胜是何氏的人，与赵忠等人商议后，拒绝蹇硕的提议，还把蹇硕的信送给何进看。何进便引诱诸常侍共同诛杀蹇硕。四月庚午日（5月27日），何进指使黄门令逮捕蹇硕，将他下狱处死 [45]，从而吞并蹇硕手中兵力，进而控制了禁省以外的皇宫和京师驻军。
    起初，董太后曾多次劝说汉灵帝立刘协为太子，何氏因此怨恨她，提议没有来得及商定下来，汉灵帝便去世了。
    何氏临朝听政后，董太后的侄子骠骑将军董重与何进权势相冲突，董太后每次想参与干涉政事，何氏就禁止阻拦。董太后忿恨地责骂道：“你现在这么强横跋扈，依仗你哥哥的权势吗？应当敕令骠骑将军董重斩断何进的头拿来。”何太后听到此话后，就告诉何进。何进与三公以及其弟车骑将军何苗等上奏：“董太后指使前中常侍夏恽、永乐太仆封谞等人交结州郡，垄断各地的珍宝财货，全部送进永乐宫。根据过去的惯例藩王之后不得留住京城，舆车服饰有一定的规章可循，饮食有一定的品级可依。请把董太后的宫室迁回她本来的封国去。”何氏以皇帝刘辩名义同意。
    何进于是派兵包围骠骑将军董重的府邸，拘捕董重，董重免官自杀。董太后最终因忧虑恐惧而暴崩（一说被何皇后逼令自杀） [37]，民间百姓都将此事归罪于何氏。
    光熹元年（189年），大将军何进想要诛除宦官，但告诉何太后时，何太后明确反对，称：“中官统领禁省，自古及今，汉家故事，不可废也。且先帝新弃天下，我奈何楚楚与士人对共事乎？”
    何太后的母亲舞阳君与弟弟何苗等接受宦官的贿赂，多次在何太后面前替宦官求情，并指责何进“专杀左右，擅权以弱社稷”，于是何太后也开始怀疑何进，何进也畏惧宦官积威，导致“事久不决”。
    学者认为，何太后之所以坚定地拒绝把宦官作为牺牲品，就她而言，不是利他主义，而是她希望保持与皇帝完全一样的政治自由，这样做是冷酷的需要。何太后要的还不只是政治的自由，还有政治权力。