四月，西属菲律宾殖民当局为了消除潜在的统治威胁，缓和濒临破产的财政危机（西班牙人通过赊销的方式欠下华商大量债务，粗略估计为180-200万比索），悍然发起一场针对华人的“大清洗”运动。
短短十天时间，马尼拉城附近的一万余华人遭到屠戮，不分男女老幼，甚至就连襁褓中的婴孩亦遭残忍杀害。
当侥幸逃出吕宋，返回广东、福建的华人哭诉西班牙人暴行时，却并未引得大明朝野的过多关注。
福建巡抚沈犹龙接到吕宋华商的求告信后，以“海外衅端，不宜轻启边衅”为由，不予任何实质性行动。
崇祯帝正在为清虏肆虐北方而头疼不已，收到此讯息后，也仅批示，“吕宋远在海外，夷夏之防，不宜劳师远征。”
至于大明海域的“话事人”郑芝龙则趁机收拢闽粤海商，以提供海上保护为借口，扩大自身势力，进一步垄断海上贸易，试图成为事实上的“华商海上保护者”。
至于出动战船，对西班牙人采取军事威慑，以保护寄居吕宋的数万华人，则没有任何地方政府和民间组织付诸于行动。
正当所有人以为，此次西夷屠华事件又会以万历三十一年（1603年）那般为世人所漠视，最后无声无息地湮没于历史尘埃当中。
却不想，新华驻大明全权代表、辽海拓殖区负责人钟明辉闻讯后，于六月上旬，不顾诸多下属的反对，组织了十余艘武装移民船，携两百辽海自卫军和四百武装屯丁杀向了吕宋。
新华人要救吕宋数万汉人于水火之中！
六月底，新华舰队进抵马尼拉湾，在以绝对数量优势逼退两艘西班牙武装商船后，大举围攻港口。
不过，西班牙人在帕西格河入海口战略要冲筑有圣地亚哥堡，火炮众多，除非付出相当大的代价，否则很难闯入。
至于港口两侧的海岸边，西班牙人也是防御严密，左侧筑有圣迭戈炮台，部署了8-10门18磅岸防重炮，右侧筑有圣加百列炮台，部署了6门12磅长管火炮和2门18磅岸防重炮。
新华舰队曾试着发动了两次进攻，但无一例外遭到西班牙人的强势反击，数艘舰船不同程度受损，被迫后撤至炮台射程之外。
在围攻数日无果后，几名熟悉西班牙防御的吕宋华人建议，可以绕过防御严密的马尼拉港，转攻西南侧的甲米地造船厂，从这里实现突破。
这座位于东方最重要的西班牙造船基地，三面环水，靠近陆地一侧筑有矮墙，常驻一百余西班牙士兵，还部署了十余门轻重火炮。
但其面对大海一侧却没有防御炮台，仅有几艘小型的巡逻船，只要舰队进抵该造船基地后，便可直接炮轰船坞，然后从后方发起登陆。
于是，新华舰队在留下数艘武装商船继续监视马尼拉港后，大队转向甲米地，仅一日功夫，便击破西班牙人的防御，五百余武装士兵登陆并控制了该造船厂，俘获数百名造船工匠。
驻守的西班牙士兵自知不敌，全数逃回马尼拉。
遭受西班牙大屠杀后，逃散于各地的华人闻讯纷纷赶来甲米地汇聚。
十余天时间，便有万余人逃奔至此。
新华人在将这些劫后余生的吕宋华人重新组织后，拉起了一支数量达三千人的部队，浩浩荡荡地杀向马尼拉。
尽管，这支部队大部分人员没有趁手的武器，要么持着一件农具，要么握着一根削尖的木棍，但在复仇的心理支配下，仍怀着满腔的热血，义无反顾地跟在新华人的队伍后面。
西班牙在菲律宾的驻军以少量来自西班牙本土的士兵和西属美洲殖民地派遣部队为主，辅以少量土著仆从兵。
截止1638年底，马尼拉城防部队约有380-400名士兵，摩鹿加群岛驻有480-500人，其他地区约500-700人。
但是，西班牙实际可作战的兵力跟大明官军相若，因长期欠饷（平均拖欠2.5-3.5年）和疾病减员，仅为账面数字的60%-70%。
即，西班牙总兵力（正规部队）大概在950-1100之间，而马尼拉的守军则为400人左右。
即使加上临时征召的邦板牙人（土著仆从）、日本浪人、投附华人（主要是加入天主教的华人信徒），以及西班牙居民、传教士，马尼拉城的防守兵力也不会超过一千五百人。
然而，马尼拉城的坚固和强大火力，却大大超出了新华人的预料之外，在城下碰了一鼻子灰。
大军强攻数日，未能撼动西班牙守军分毫，反而死伤百余人。
眼见无法在短时间内力克此城，新华军随即便采取长期围困的方式，顿兵于城下，准备熬到西班牙人弹尽粮绝，主动献城投降。
为了确保全取吕宋，彻底歼灭西班牙军队，新华军主帅、辽海分舰队司令李志尚派联络船返回大明，向坐镇大屿山岛的钟明辉请求调派更多的武装士兵和粮食物资。