初号机本身是人类补完计划的重要组成部分，拥有成为使徒的一切潜能，其中融入了碇唯的灵魂。在《福音战士新剧场版：q》中，初号机被封印在卫星轨道上，后被明日香和真希波夺回。
冬月耕造放下棋谱，对加持说：“在此之前，我们受selle和联合国的调查，准备要到外面一阵子。
这段时间我们不在，就由渚薰和你一起来管理总部。”
加持问：“怎么？这么快就对你们调查了？这事情刚结束不久，后面的安排还需要你们来操作。现在就要开始了，不太合理。”
碇源堂：“没有什么事情是合理的，初号机虽然交出去了，但他们依旧不放心。与其等待他们上门，还不如我们自己先走。”
加持无奈耸了耸肩膀：“这个活真是不轻松啊……”
碇源堂接着又安排：“天启这个人你好好用，他可是能阻止突发事件的重要支柱力。我不在的时候你们就是最高的指挥权。”
说完。碇源堂起身和冬月耕造便离开司令办公室。
加持看着碇源堂的位置，冷笑一声：“暂避锋芒吗？那我的暗中建立也该差不多了。我的时间所剩无几，能把一切知晓的事情都交给美里她。”
nerv总部休息区
黄哲田和加持坐在椅子上，喝着饮料看着窗外后勤部队正在维修。
加持把手中的咖啡放下，开口对黄哲田说：“我有时候真的想不明白你到底是怎么的存在，拥有使徒的能力却不是使徒，有着人类的身躯却有超出该有的范围。”
黄哲田喝一口橙汁转头看着加持：“你组建起来的队伍我会和明日香他们一起守护，但请你不要把我的身份告诉他们。目前就你一个人知道我的真实身份，后面的剧本很快就要对上。我能否保住你，就看碇源堂留给我们什么。”
加持吸口烟，缓缓吐出：“死我虽然怕，但面对真相的近在咫尺却不能得知，对于我来说比起死更难受。碇司令他们要离开总部一阵子，接下来的时间里由我和渚薰来接手管理。”
黄哲田：“不打算把所有的秘密告诉美里她吗？要我告诉的话很难让她相信，自己全力保护的东西到头来却是个笑话。”
原著中加持的死去，让美里性情大变。过去的性子全部卸掉深埋在心底，换上沉着冷静，处事不惊的领袖葛城美里。
至于新剧场版加持的死去是他驾驶飞行器前往地下中央教条区域用不为人知的手段把两把枪封印住被第十二使徒控制的六号机。（朗基努斯之枪，卡西乌斯之枪。）
成功阻止了第三次冲击仪式，成为人类的救世主。
但最后也死于在中央教条区域里。
加持把吸完的烟头用力掐灭，拍了拍身上不存在的烟灰：“嗯，我会跟她说。我在捣毁欧洲支部基地时，从里面的数据库里找到了净化反装置，做了最坏的打算。”
黄哲田把易拉罐拧扁，又问：“你这么做可是不留给自己活路，就算碇源堂不出手，但其他人呢？说不准……”
加持又从烟盒里拿出一根烟点燃：“这不是问题，我早就习惯了。真希波可以协助你和明日香前行，对于她我还是很放心。就是她这个人有点懒罢了，其他方面没得说，可以放心把背后交给她。”
黄哲田站起来伸个懒腰，打个哈欠：“唉，不得不说你准备的后手挺不错。就是自己的却没有多少，对了。你准备建立的新组织名字起了吗？”
加持痞笑道：“嗯……就叫wille组织吧。”
“嗯，很有含义。不过当下感觉有一种风雨欲来，但我答应的事情肯定会兑现。”
“那我在此谢谢你了，黄哲田。”
nerv总部秘密会议室
01：“最近一阵子你们先以考察的名义出去，暂时让你们的总部过渡。把尼布甲尼布撒之钥匙保管好，等剧情结束后，你们再回来这里为大本营。”
06：“重新启动零计划，量产机的项目也要提上。能和剧情对接的都不要错过，到那时候出现误差也能最大化减少损失。”
04：“在这方面上，我们的剧本还缺少一个节点。刚开始可用的机体并没有准备好，要生产的地方又在哪呢？”
碇源堂毫不犹豫给出答案：“欧洲支部伯大尼基地，以那里为跳板从中调动过来夺回这里。”
能大规模制造出量产机的完好工业建设，只有俄罗斯的伯大尼基地才可以，它是和军方合作一起制作军用eva机体，量产的工业能力十分成熟。
其中《新世纪福音战士：q终》的剧情出现大量人造使徒和量产eva机体都是从这里制造出来的。
09：“打开南极的钥匙准备好，总共数量四个。”
07：“没有钥匙打开怎么开启最终的大门？”
碇源堂：“这个是理所当然要去做的，无非是前后顺序问题罢了。”
01：“这里很快就要发生巨大的变动，世界要重新规划。势必要完成计