与此同时，部分护廷十三队成员还前往现世，讨伐了初代死神代理银城空吾及其同伙，维护了现世的和平与安宁。
然而，好景不长，一场更为惨烈的战争——千年血战，正悄然降临。以友哈巴赫为首的无形帝国向瀞灵廷宣战，并率领着灭却师集团对尸魂界发起了猛烈的进攻。护廷十三队在这场突如其来的战争中遭受了惨重的伤亡，面临着前所未有的巨大压力。
友哈巴赫亲自参战，这无疑给整个战局带来了巨大的变数。山本元柳斋重国，这位曾经威震天下的总队长，在与友哈巴赫的激战中不幸战死，这一消息震惊了整个尸魂界。
在山本元柳斋重国牺牲后，京乐春水接替了总队长的位置。他肩负起了领导护廷十三队的重任，同时也面临着前所未有的压力。为了应对友哈巴赫的威胁，护廷十三队的各个成员都开始接受更为严格的训练，以提升自己的实力。
然而，尽管他们付出了巨大的努力，最终还是未能抵挡住友哈巴赫的强大攻势。友哈巴赫成功地登入了灵王宫，这一圣地的沦陷让整个尸魂界陷入了前所未有的危机之中。
灵王宫之战中，友哈巴赫借助黑崎一护之手害死了灵王，并夺走了灵王的力量。这一变故使得局势愈发严峻，护廷十三队不得不与假面军势携手合作，共同进入灵王宫，与友哈巴赫的神赦亲卫队展开一场生死较量。
经过一场惊心动魄的激战，护廷十三队和假面军势最终取得了胜利。然而，友哈巴赫并没有就此罢休，他在瀞灵廷继续与黑崎一护展开最终对决。
最终，黑崎一护以惊人的实力击败了友哈巴赫，结束了这场漫长而残酷的战争。战后，零番队的兵主部一兵卫将友哈巴赫的尸体做成了新的灵王，为尸魂界带来了新的希望。
在这场惨烈的战争之后，护廷十三队并没有停下脚步。他们继续消灭了灭却师的残余力量，彻底铲除了这一威胁。同时，总队长京乐春水与虚圈之王蒂雅·赫丽贝尔达成了停战协议，为尸魂界和虚圈之间的和平奠定了基础。
护廷十三队作为尸魂界的守护者，他们的组织结构严密，成员们都是经过严格选拔和训练的死神。他们肩负着维护尸魂界秩序和安宁的重任，是这个世界不可或缺的存在。
每个队伍都设有一名队长和一名副队长（不过，一番队比较特殊，有两名副队长），此外还有多个等级的席官。席官的席次通常是根据实力来排列的，实力越强，席次就越高。其中，第三席官还需要同时辅佐副队长，以此类推。最后才是两百多名基层队员。
位阶越高的成员，所承担的任务往往就越艰巨困难。而且，在一些番队中，可能会出现十几人甚至二十人共同担任同一席官的情况。还有些番队人数众多，以至于必须分成好几个班，并且在每个班中都要指派一名班长来管理班级事务。
具体来说，队长是京乐春水，他是一番队的队长，同时也是护廷十三队的总队长。他的全名是“京乐次郎总藏佐春水”，是山本元柳斋重国的弟子。原本他是八番队的队长，在千年血战中，由于山本战死，他接替了总队长的职位。
副队长则是伊势七绪，她是一番队的副队长。她之前是八番队的副队长，与京乐春水有着亲属关系，是他的侄女。在千年血战中，她被京乐春水提拔为副队长。
冲牙源志郎，他是一番队的副队长，原本是一番队的第三席。在千年血战中，他因为表现出色，被京乐春水提拔为副队长。
二番队，也就是隐密机动队，队长是碎蜂。她的原名是“蜂梢绫”，不仅是隐密机动队的总司令官，还是隐密机动第一分队“刑军”的总括军团长。
同时也因为护廷十三队被管理瀞灵廷的四十六室认作高尚的组织，因此不允许“已合格的成员中出现不适任者”的情形发生。
队员因个人因素不得不离队的情形叫做“休队”，而经过长时间仍无法复队的情况下就会被除籍。
另外在一些特殊情况下，护廷十三队的成员将有机会晋升至王族特务零番队，比如前十二番队队长曳舟桐生，或者是收到邀请却拒绝的刳屋敷剑八。
离队准则护廷十三队内部并没有退队制度，事实上，队员因为自己的意志想要退队是不被认可的（前六番队副队长例外）。
至于“退队”则代表“特别槛理化”，某些在思想或行为被认定有危险性、或是被宣告退队的成员，都会被强制收容在特别槛理栋（通称“蛆虫巢”）。
一旦成员因为叛变、死亡、隐退或遭受驱逐等理由离开护廷十三队或晋升更高阶的职位，就会另外找其他成员替补该职缺。也会出现先前因为逃亡被除籍的成员，被招回尸魂界并重回岗位的特殊情况。
二番队的副队长是大前田希千代，他的全名是“大前田日光太郎右卫门美菖蒲介希千代”，同时也是隐密机动第二分队“警逻队”的队长。